課程涵蓋化工程序、應用化學、材料科學、生物科技與永續產業等範疇，師資將依專業背景分派相關課程，以確保教學品質、課程連續性與人才培育目標之達成。

學系課程設計採雙核心分組方式，依據學生興趣與未來職涯方向，提供「化學工程組」與「生物科技組」兩大教學主軸。基礎課程包含普通化學、有機化學、生物學、物理化學、生物化學、工程數學等，奠定學生跨域科學與工程能力。
共同與模組課程如圖一，規劃如下：